De bezuiniging op de fundering in de 19e eeuw is vermoedelijk de oorzaak van de verzakking van de kerk die in het jaar 2010 werd geconstateerd. De kerk werd per direct gesloten omdat de stenen uit het gewelf naar beneden kwamen en de veiligheid van de kerkbezoekers niet meer kon worden gegarandeerd. Het gevolg hiervan was een jarenlange, ingewikkelde en grondige restauratie, waarbij de fundering werd hersteld. Ook werden de muren, gewelven en de toren gerestaureerd. Onnodig te zeggen dat hiervoor, mede door onze Stichting, de nodige fondsen moesten worden geworven, omdat de restauratie kostbaar was. Tijdens deze restauratieperiode kerkten de parochianen in de naburige Heilige Geestkerk aan de Haagbeuklaan. Na zes jaar, op 21 mei 2016, kon de Urbanus weer worden geopend.

Na de kerkrestauratie die in 2016 gereed kwam, nam Adema het Anneessens-orgel onderhanden. In afwachting van herstel van de pneumatische speeltafel kreeg het een elektrisch exemplaar. Het werd verplaatst naar de torenruimte, tussen de fronten van het nog aanwezige, niet meer bespeelbare Adema-orgel. De ingebruikname met een feestelijk openingsconcert op zondag 16 september 2018 werd verijdeld door de grote brand die de kerk een dag eerder trof.