De voorgevel van de kerk wordt gedomineerd door de ruim 65 meter hoge toren, die het midden van de a- symmetrische gevel vormt. Links van de toren is een vijfhoekig baptisterium gebouwd, waarvan twee glas- in- loodramen aan de voorgevel te zien zijn.

Het meest opvallende aspect van het grondplan van de kerk is de zeskantige toren. Omdat de kerk schuin ten opzichte van de Noorddammerlaan is geplaatst, kon Cuypers de ingang op deze manier toch parallel aan deze laan laten lopen. De kerk bestaat uit drie beuken, een transept (het dwarsschip) , een koor, een Mariakapel, een sacristie en het reeds genoemde baptisterium.
Het middenschip van de kerk bestaat uit vier traveeën, van elkaar gescheiden door pilaren. De pilaren zijn bekleed met halfzuilen. Aan de bovenkant zijn de pilaren afgewerkt met Korintische kapitelen, beschilderd in goud en blauw. In de laatste travee van het middenschip is een verhoogde ruimte voor het orgel en het zangkoor aangebracht.

De bouwstijl waarmee Cuypers furore maakte grijpt terug op de middeleeuwse gotiek. Wie kent niet de beroemde gotische kathedralen in Europa, zoals de Notre Dame en de kathedralen van b.v. Amiens en Chartres en de Dom van Keulen. Naast het gebruik van renaissance bouwstijlen (neo-renaissance) grijpt men in Europa ook terug op de gotiek, die in Engeland zelfs in de profane bouw nooit is weggeweest. In Nederland beperkt deze neo-gotiek zich vooral tot de kerkenbouw met architect Pierre Cuypers als belangrijk exponent. Al vanaf zijn eerste ontwerpen past Cuypers baksteen of schoon metselwerk toe als materiaal voor de gewelven. Ook bij de Bovenkerkse Urbanus is deze neogotische bouwstijl volledig toegepast, inclusief het gebruik van spitsbogen, kruisribgewelven en pijlers met verticale lijnen voor een optimaal hoogte-effect.