Op 15 september 2018 werd de Urbanuskerk getroffen door een grote brand. Alleen de toren bleef intact, het schip en priesterkoor werden zwaar beschadigd. Al snel werd besloten tot de herbouw van de kerk, die grotendeels werd gedekt door de verzekering. Op 1 april 2020 werd de overeenkomst tussen de R.K. Parochie Amstelland en Aannemersbedrijf Nico de Bont getekend en werd begonnen met het herstel van de kerk. In januari 2022 werd bekendgemaakt dat het kerkinterieur van de te sluiten Sint-Werenfriduskerk in Workum zou worden overgebracht naar de Sint-Urbanuskerk. Op 8 april 2023 kon de paaswake plaatsvinden in het grotendeels herstelde kerkgebouw; de inwijding volgde op 16 april 2023.

Om het interieur van de Urbanuskerk in ere te kunnen herstellen, is er dankzij de inspanningen van de Stichting € 1,2 mln aan financiering gerealiseerd uit acties, subsidies en giften. Dankzij de hulp van vele vrijwilligers hebben er diverse crowfunding acties plaatsgevonden, zoals de verkoop van Urbanus chocolade, kerstbomen, Urbanus boeken en is er een veiling gehouden in Museum JAN. Ook zijn er vele subsidies verkregen dankzij de inspanningen van de Stichting. Een overzicht van alle subsidieverstrekkers is te vinden in de kerk. Tenslotte, en niet in de laatste plaats, heeft onze achterban een overweldigend bedrag aan giften en donaties gedaan om de Urbanus weer volledig te kunnen herstellen. Maar de Bovenkerkers hebben niet alleen hun portemonnee getrokken, er werd ook hard meegewerkt aan de onderdelen die te duur waren om uit te besteden. Zo werden de oude gevelstenen in een tent naast de kerk schoongehakt en werden er nieuwe tapijten geknoopt door een groep dames. Daarnaast was er een actie om een eigen lei op het dak te sponsoren middels het op de achterzijde laten plaatsen van de eigen naam als sponsor.